コウモリを自治体に相談すると何してくれる？駆除・費用・相談先を確認

屋根裏から羽音がする、換気口の下に黒い糞が落ちている、夕方になると屋根や外壁の隙間からコウモリが出てくる――こうした場合、「市役所に連絡すれば無料で駆除してもらえるのでは」と考える人も多いでしょう。

自治体へ相談すること自体はできます。

ただし、コウモリについては自治体が直接住宅へ来て捕獲・駆除するのではなく、対処方法の案内、鳥獣保護管理法上の相談、捕獲許可窓口の案内、専門業者・ペストコントロール協会等の紹介を行うケースが多く見られます。

実際の追い出し、侵入口封鎖、糞清掃などは自己対応または有料の専門業者への依頼となる自治体があります。

コウモリは市役所・区役所へ相談できる

住宅に住み着いたコウモリについて、自治体の環境課、自然環境担当、鳥獣担当、生活環境担当などへ相談できる地域があります。

ただし、担当部署の名称は全国共通ではありません。

たとえば、

• 環境課
• 生活環境課
• 自然環境・鳥獣担当
• 農政・林業担当
• 都道府県の自然環境担当

などが窓口になる例があります。

「コウモリだから保健所」とは限らないため、自治体サイトで担当部署が分からなければ、代表窓口へ「住宅に住み着いた野生のコウモリについて相談したい」と伝えると担当部署を確認しやすくなります。

自治体はコウモリを無料で駆除してくれる？

今回確認した複数の自治体では、市が住宅のコウモリを直接捕獲・駆除する制度にはなっていませんでした。

したがって、自治体へ相談する目的は「無料で全部駆除してもらう」よりも、その地域での対応ルールと適切な相談先を確認することにあります。

横浜市｜市は捕獲・駆除を行わない

横浜市は2026年9月の公式案内で、住宅に住み着いたコウモリについて、市では捕獲や駆除を行わないとしています。

自力での対応が難しい場合には、神奈川県ペストコントロール協会を一例として紹介していますが、費用は有料・個人負担です。

また、コウモリを捕獲する必要がある場合の許可については、神奈川県自然環境保全課へ問い合わせるよう案内しています。

つまり、

横浜市への相談 → 市が駆除

ではなく、

横浜市への相談 → 対応先・法令窓口を確認 → 必要なら自己負担で専門対応

という形です。

浜松市｜所有・管理している建物は所有者側で対応

浜松市も、市では原則としてコウモリの捕獲・駆除を行っていません。

自分が所有・管理する建物で対応が難しい場合は、有料の専門業者へ相談するよう案内しています。

また、自分の所有・管理地ではない場所で対策が必要な場合には、その施設や土地の所有者・管理者へ相談するよう案内しています。

これは賃貸住宅や集合住宅でも重要な考え方です。

つくばみらい市・つくば市｜追い払い・侵入防止は本人または業者

つくばみらい市では、コウモリはもともと地域に生息している自然の生きものであり、市による駆除・捕獲は行っていません。

追い払いや侵入予防は本人または業者で対応し、業者費用は自己負担としています。

つくば市も同様に、市では駆除や捕獲を行わず、自分での追い払い・侵入予防または業者対応を案内しています。

秦野市｜市は駆除せず、専門団体を案内

秦野市も2026年5月時点で、市ではコウモリの駆除・捕獲を行わないとしています。

対応可能な業者を探す場合には、神奈川県ペストコントロール協会への相談を案内しており、費用は自己負担です。

自治体が専門団体を案内してくれる場合でも、自治体が施工費を負担するとは限りません。

自治体へ相談すると何を教えてもらえる？

地域によって差がありますが、自治体へ相談する意味はあります。

主に確認できるのは、

• コウモリへの一般的な対処方法
• 自治体自身が捕獲・駆除を行っているか
• 鳥獣保護管理法上の注意
• 捕獲が必要な場合の許可窓口
• 専門業者・ペストコントロール協会等の相談先
• 建物所有者・管理者へ相談すべきケース

などです。

練馬区では、野生動物全般の相談先として東京都環境局、駆除に関する相談先として東京都ペストコントロール協会を案内しています。

捕獲許可は市役所へ申請する？

地域と鳥獣の種類によって異なります。

野生のコウモリは鳥獣保護管理法の対象で、許可なく捕獲・殺傷することは原則としてできません。

一方で、生活環境被害など一定の目的で捕獲が必要な場合には、許可制度があります。

許可権者は地域によって市、都道府県、国などが関係するため、自治体へ相談して確認します。

横浜市の場合、コウモリの捕獲許可については神奈川県自然環境保全課へ問い合わせるよう案内しています。

綾瀬市も、鳥獣の種類によって捕獲許可申請を行う行政機関が国・県・市で異なるため、事前相談を求めています。

捕獲許可の詳細は別記事で扱い、本記事では「誰へ確認すればよいか」にとどめます。

ハクビシン用の箱わなをコウモリにも貸してくれる？

自治体の制度を混同しないことが重要です。

たとえば綾瀬市の公式案内では、ハクビシンについて捕獲用の檻を貸し出す制度があります。

しかし、この記載を「コウモリにも箱わなを貸してもらえる」と読み替えることはできません。

コウモリとハクビシン・アライグマでは、実際の住宅対策や自治体制度が異なります。

コウモリは、住宅では通常、捕獲よりも追い出し→全個体が出たことを確認→侵入口封鎖という方法を中心に検討します。

市役所に相談すれば追い出し方法を教えてくれる？

自治体公式ページで、住宅への侵入対策を案内している例があります。

たとえば浜松市では、

1. 侵入口を確認する
2. コウモリが家にいない時間を確認する
3. 不在時に侵入口を塞ぐ

という考え方を案内しています。

ただし、コウモリが中に残った状態で穴を塞ぐと、閉じ込めて死なせてしまう可能性があります。

また、同市はまだ飛べない幼獣がいる6〜8月や、冬眠前後の時期には封鎖を避けるよう注意しています。

6〜8月に自治体へ相談してもよい？

相談自体は時期を問わず行えます。

ただし、実際の追い出し・封鎖をいつ行うかは別問題です。

浜松市は、飛べない幼獣がいる可能性がある6〜8月と冬眠前後は、侵入口封鎖を避けるよう案内しています。

そのため、

• 今すぐ施工できるのか
• 幼獣が残っていないか
• 活動している時期か
• 専門業者による確認が必要か

を分けて判断します。

自治体に相談すれば駆除費の補助金が出る？

コウモリの自治体相談と、駆除費補助は別です。

今回確認した横浜市、浜松市、つくばみらい市、つくば市、秦野市などでは、自治体による住宅コウモリの無料駆除を前提とせず、専門業者を利用する場合は自己負担と案内しています。

ただし、制度は自治体・年度によって変わり得ます。

所在地自治体へ、

• 駆除費助成
• 住宅改修助成
• 高齢者等向け住宅支援
• 専門業者紹介

の対象になる制度がないか確認すること自体は可能です。

「自治体へ相談できる＝駆除費が無料」とは考えないようにしてください。

賃貸住宅なら自治体と管理会社のどちらへ相談する？

賃貸住宅では、まず管理会社・大家へ連絡するのが基本です。

コウモリの侵入口は、

• 屋根
• 外壁
• 軒下
• 換気口
• 戸袋
• 配管周辺

など建物自体にあることが多く、入居者が自由に封鎖・加工できない場合があります。

浜松市も、自分が所有・管理していない場所で対策が必要な場合は、その施設・土地の所有者や管理者へ相談するよう案内しています。

法令や地域の相談窓口を確認するために自治体へ問い合わせることと、建物の施工を管理会社へ依頼することは別です。

マンション・アパートでは共用部かどうかも確認する

分譲マンション・賃貸マンションでは、外壁や屋根、換気設備などが共用部分になっていることがあります。

入居者が勝手に、

• 外壁の穴を塞ぐ
• 換気口へ金網を固定する
• 屋根へ上る
• 共用廊下側から薬剤を使用する

ことは避け、管理会社・管理組合へ相談してください。

自治体に電話する前に何を確認する？

安全な場所から写真・動画を撮れる場合は記録しておくと、自治体や業者へ状況を説明しやすくなります。

撮影のために屋根・脚立・高所へ上る必要はありません。

自治体に聞くなら何を質問する？

• コウモリの住宅被害はどの部署で相談できますか？
• 市・区で捕獲や駆除を行っていますか？
• 追い出し・侵入防止について相談できますか？
• 捕獲が必要な場合の許可窓口はどこですか？
• 対応できる専門業者や団体を紹介できますか？
• 業者費用は自己負担ですか？
• 使える助成・補助制度はありますか？
• 賃貸・集合住宅の場合は所有者から相談する必要がありますか？

自治体が駆除しない場合はどこへ相談する？

自治体から専門業者や地域のペストコントロール協会を案内される場合があります。

たとえば、横浜市・秦野市では神奈川県ペストコントロール協会、練馬区では東京都ペストコントロール協会が相談先として案内されています。

民間業者へ依頼する場合は、単に「コウモリ駆除」とだけ確認するのではなく、

• 現地調査
• 追い出し
• 全個体の不在確認
• 侵入口封鎖
• 糞清掃
• 消毒・必要な衛生処理
• 再発確認
• 保証

のどこまで見積もりに含まれるか確認します。

費用全体は害獣・害虫駆除の費用・相場、依頼先を比較する場合は業者選びを参考にしてください。

「自治体が駆除してくれない＝相談する意味がない」ではない

自治体が直接施工しなくても、相談する意味はあります。

特に確認価値が高いのは、

• 捕獲許可の権限がどこにあるか
• 地域で推奨されている相談先
• 自治体が直接対応する範囲
• 民間業者の紹介制度
• 所有者・管理者対応になる範囲

です。

コウモリはハクビシンやアライグマと自治体制度が同じとは限らないため、他の害獣の捕獲制度をそのまま当てはめないことも重要です。

よくある質問

コウモリが家に住み着いたら市役所へ電話してよいですか？

はい。自治体によって担当部署は異なりますが、環境・自然・鳥獣・生活環境等の窓口で相談できる場合があります。

市役所が無料でコウモリを駆除してくれますか？

今回確認した複数自治体では、市による直接の捕獲・駆除は行わず、自己対応または有料専門業者への依頼としていました。所在地自治体の制度を確認してください。

保健所に電話すればよいですか？

必ずしも保健所とは限りません。環境課、鳥獣担当、農政・林業担当などが窓口になる地域もあります。自治体代表窓口から担当部署を確認できます。

コウモリの捕獲許可は市役所でもらえますか？

地域によります。横浜市では神奈川県へ問い合わせるよう案内しており、綾瀬市も動物の種類によって国・県・市で許可窓口が異なるとしています。所在地自治体で確認してください。

自治体から箱わなを借りられますか？

ハクビシン・アライグマで箱わな貸出制度がある自治体でも、コウモリまで対象とは限りません。制度の対象動物を必ず確認してください。

自治体に駆除費の補助金はありますか？

今回確認した複数自治体では、専門業者を利用する場合は自己負担という案内でした。ただし自治体や年度によって制度は変わるため、所在地で個別確認してください。

賃貸住宅の場合も市役所へ相談できますか？

法令・相談先の確認はできますが、外壁・屋根・換気口等の施工は所有者・管理者の判断が必要になることがあります。まず管理会社・大家へ連絡してください。

市役所が駆除しないなら自分で穴を塞いでもよいですか？

コウモリが内部に残っていないことの確認が必要です。飛べない幼獣がいる6〜8月や冬眠前後は特に閉じ込めリスクがあります。高所や在否を確認できない場合は専門業者へ相談してください。

自治体から紹介された業者なら無料ですか？

無料とは限りません。横浜市や秦野市では専門団体を案内していますが、費用は自己負担と明示しています。施工前に見積もりを確認してください。

まとめ

住宅にコウモリが住み着いた場合、自治体へ相談することはできます。

ただし、自治体の主な役割は、地域によって、

• 対処方法の案内
• 鳥獣保護管理法上の相談
• 捕獲許可窓口の案内
• 専門業者・専門団体の案内

などで、住宅へ出向いて無料で捕獲・駆除するとは限りません。

今回確認した複数自治体では、専門業者による施工は自己負担でした。

また、ハクビシン等で箱わな制度があってもコウモリまで対象とは限りません。

賃貸・集合住宅では、自治体への法令相談と並行して管理会社・所有者へ連絡します。

自治体へ問い合わせるときは、「駆除してくれますか？」だけでなく、「市の対応範囲、捕獲許可窓口、業者紹介、費用負担」を分けて確認すると、その後の対応を整理しやすくなります。

害獣全体の相談は害獣、被害場所から確認する場合は住宅の場所から探す、専門業者へ切り替える場合は業者選びを参考にしてください。

参考にした自治体・公的情報

• 横浜市「家にコウモリが住み着いている。」
• 浜松市「家にコウモリが住み着いて困っている」
• つくばみらい市「コウモリを見かけたら」
• つくば市「野生動物」
• 綾瀬市「コウモリ、ハクビシン等が屋根裏に住み着いて困っています」
• 秦野市「ヘビ、コウモリを見つけたけど、市で駆除してくれるの？」
• 練馬区「野生鳥獣との接し方」
• 神奈川県「野生鳥獣保護の仕組み」
• 東京都ペストコントロール協会「コウモリの特徴」

※自治体の相談窓口、捕獲許可権限、専門業者紹介、補助制度等は地域・年度によって変更されることがあります。コウモリは鳥獣保護管理法の対象です。自己判断で捕獲・殺傷せず、捕獲が必要な場合は所在地の自治体等へ許可窓口を確認してください。確認日：2026年9月20日。